западу от Троицкой церкви в 1886-1891 годах был возведен третий каменный храм Ишима – Ново-Никольский. Также окруженный четырьмя часовнями и кованой оградой на мраморных столбиках, он расположился на небольшой Черняковской площади, названной так в память благотворителя, купца 1 гильдии Николая Максимовича Черняковского. Именно на его капитал, распорядителем которого стала жена, Иулиания Амвросова (фамилия по второму мужу), и был построен целый комплекс зданий, включавший в себя, помимо храма и часовен, еще и двухэтажные каменные здания церковно-приходской школы и причтовых квартир.

Время постройки храма пришлось на эпоху повышенного интереса к историческим истокам русской государственности и православия. Поэтому возведен он был в духе эклектики, или историзма, а точнее – «русско-византийского» направления этого архитектурного стилевого течения. Могучие стены крестово-купольного храма замыкают широкие полукруглые фронтоны с килевидными завершениями. Массивный барабан центральной главы покоится на четырех мощных столбах, «съедающих» немалую часть внутреннего пространства. Всего же храм венчают пять глав с золочеными крестами, утвержденными на полумесяцах. Сложный декор стен включает разнообразные элементы древнерусского и византийского зодчества, среди которых обращали на себя особое внимание равноконечные Георгиевские кресты, расположенные группами по три над каждым из трех входов в храм. В 1914 году архитектор Н.А. Юшков разработал проект пристройки колокольни с трапезной, который, будучи утвержден в 1917 году, так и не был реализован.

Поначалу церковь была приписана к Ишимскому духовному училищу, а комитет по постройке с 1885 года возглавлял настоятель Богоявленского собора, член правления вышеозначенного училища, протоиерей Алексий Федюшин; с декабря 1891 года его сменил священник Николай Гвоздицкий.

Главный престол храма в честь Святителя и Чудотворца Николая освящен 26 ноября 1892 года, а справа от него, в южной части храма, устроен небольшой придел в честь святого благоверного и Великого князя Александра Невского на средства купца Александра Порфирьевича Кутырева.

В 1920-е годы церковь была передана обновленцам. После закрытия в 1930 г. Богоявленского собора она стала кафедральным собором Ишимской обновленческой епархии.

В летнюю ночь с 23 на 24 июня 1937 года, в день памяти святителя Иоанна Тобольского, в Ишиме арестовали всех священнослужителей. Среди них были настоятель Никольской церкви Иосиф Моисеев и священник Михаил Аталыков.

Формально Никольскую церковь не закрыли. Но стадо, оставшееся без пастыря и основательно поредевшее в дни репрессий, постепенно рассеивалось. Тактика «естественного самораспада» общины была излюбленным приемом властей, инсценировавших «законность» закрытия якобы пустующих и разрушающихся от бесхозяйственности храмов. 9 марта 1940 года исполком Ишимского горсовета постановил: церковь закрыть, ценности реализовать, «внеся деньги в Государственные фонды», в помещении храма предложить открыть клуб.

В 1943 году начинается период смягчения политики государства по отношению к религиозным организациям. В стране открываются монастыри, храмы, духовные школы, появляется возможность провести выборы Патриарха. В этот год в Ишим переводят ссыльного Епископа Афанасия Ковровского (Сахарова). Он – один из составителей службы Всем святым, в земле Российской просиявшим, участник Всероссийского поместного собора 1917 года, пострадавший за твердое стояние в вере Христовой и верность святооотеческим правилам. Поскольку в Ишиме не осталось ни одного священника, православные жители города обратились к Владыке Афанасию с просьбой возглавить возрожденный приход при одном из храмов. Епископ дал принципиальное согласие. Однако 7 ноября он был вновь арестован и продолжил исповеднический путь в сибирских лагерях…

19 июня 1944 года верующим действительно передали здание Никольской церкви. Через выбитые стекла в храме гулял ветер; штукатурка под воздействием снега и дождя постепенно осыпалась. Не осталось ни иконостаса, ни икон, ни книг, ни какого-либо иного имущества. Ограду горсовет разобрал еще в 1939 году и перенес к городскому кинотеатру. Из четырех часовен осталась одна. Новообразованному церковному совету все пришлось начинать сначала. В трудные военные годы было очень непросто достать строительный материал для ремонта. Тем не менее уже 17 декабря того же года храм по благословению Архиепископа Новосибирского и Барнаульского Варфоломея заново освятили. Чин освящения совершал настоятель храма отец Михаил Оглоблин в сослужении священника Н. Соловьева.

Известны имена настоятелей храма послевоенного периода: иерей Иоанн Ветошкин, протоиерей Николай Фоменко, протоиерей Петр Павловский, Василий Мисечко, Александр Ильин.

С образованием в 1947 году Омско-Тюменской епархии храм становится центром Ишимского благочиния, которое состояло тогда из пяти приходов и существовало до 1952 года.

Настоятели в те годы менялись часто. Редко кто служил в Ишиме более нескольких лет. Поэтому горожанам особенно запомнился протоиерей Феодор Олексюк, как его все называли - «отец Федор». Юношей, уже после войны, осужденный на пять лет лагерей за хранение религиозной литературы, он твердо избрал путь пастырского служения. В 1967 году он был назначен настоятелем Никольского храма, а с 1970-го – благочинным храмов Тюменского епархиального округа.

Как отмечали знавшие отца Феодора, «безукоризненное знание Церковного Устава и должная административная строгость» сочетались в нем с «заботливостью, простотой, внимательностью и постоянной готовностью помочь своим многочисленным духовным чадам, всегда находившим в нем доброго наставника, утешителя, помощника и молитвенника». Одаренный проповедник, он был и умелым хозяйственником. При нем в храме появились настенные росписи, новая ограда, принял ухоженный вид церковный сад. К празднованию 1000-летия Крещения Руси он вместе со вторым священником игуменом Евтихием (Курочкиным) занимался внешним ремонтом храма, золочением крестов и установкой нового резного иконостаса. Последние годы жизни, уже тяжело болея, помогал Преосвященному Димитрию в трудах по обустройству новообразованной Тобольско-Тюменской епархии. Скончался отец Феодор 2 января 1990 года, на 63-м году жизни и похоронен у алтаря Никольского храма, рядом с его создателем Николаем Черняковским.

После смерти протоиерея Феодора в храме настоятельствовали иеромонах Иоанн (Юрцун), иерей Сергий Глухарев, иерей Михаил Денисов.

В настоящее время клириками Никольской церкви являются настоятель и благочинный Ишимского округа иерей Владимир Ашмарин, иерей Павел Редозубов, иерей Михаил Денисов, диакон Антоний Антоненко. При храме открыта церковно-приходская школа во имя мч. Василия Мангазейского.

В Никольской церкви неоднократно совершали службы архиереи Омско-Тюменской епархии, а также Архиепископ Тобольский и Тюменский Димитрий. 15 сентября 2008 г. в Никольской церкви и церковно-приходской школе состоялась встреча Владыки с Главой города Ишима С.Г. Путминым.

На престольный праздник 19 декабря 2009 г. освящены два новых колокола для будущей звонницы. 18 июля 2010 г. был освящен благовестник.

Духовенство прихода окормляет также общины в селах Карасуль, Орловка, Прокуткинское, Октябревка, Черемшанка, Локти.

Адрес: Тюменская обл., г.Ишим, ул. Ленинградская д. 34

Духовенство прихода: настоятель иерей Владимир Ашмарин иерей Павел Редозубов иерей Михаил Денисов диакон Антоний Антоненко