одлинное превращение Руси в Великую Россию началось с присоединения Сибири к русскому государству. Однако отошедшая к России при Иване Грозном огромная территория Сибирского царства долгое время находилась вне досягаемости законности и порядка. Правительство царя Михаила Федоровича и его отца, патриарха Филарета, понимая значимость распространения Православия среди коренных народов и исправления нравов первых русских поселенцев, учредило в 1620 году Сибирскую епархию, а кафедральным городом был избран Тобольск. До второй половины XVIII века Тобольская епархия, совпадавшая с административными границами Сибирской губернии, включала в себя территорию Урала, Сибири и Дальнего Востока.

Церкви надлежало просветить и воспитать жителей Сибири в свете Христовой веры, привить ростки образованности и культуры, нередко противостоять произволу и беззаконию власть предержащих.

Трудами многих подвижников веры созидалась церковная жизнь в Сибири. Особенно замечателен вклад сибирских архипастырей – строителей, миссионеров, ревнителей просвещения.

Первый архипастырь, архиепископ Тобольский и Сибирский Киприан был личностью известной и героической. Участник борьбы против шведского нашествия в Смутное время, он употреблял все силы к просвещению паствы и поднятию духовно-нравственного уровня сибирских священнослужителей. Он же положил начало летописанию в крае, повелев записать сведения о походе Ермака.

При архиепископе Нектарии, "человеке пустынном и всякого мирского дела устранённом", в 1636 году произошло явление чудотворной Абалакской иконы Божией Матери «Знамение». Икона была написана протодиаконом Софийского собора Матвеем, причём по завершении работы ее заказчик исцелился от паралича. В 1783 году на Абалакском погосте был учреждён мужской монастырь. В дореволюционное время святая чудотворная икона ежегодно с крестным ходом и молебным пением торжественно приносилась из монастыря в Тобольск. В наши дни эта древняя традиция вновь возрождается.

В середине XVII века были основаны Иоанно-Предтеченский под Тобольском и северный Кондинский Троицкий монастыри, обретены мощи праведного отрока Василия Мангазейского.

В 1667 году на Большом Московском Соборе Сибирская архиепископия ввиду ее особой значимости была возвведена в степень митрополии, и тогдашний архиепископ Корнилий стал первым митрополитом Сибирским.

В 80-е годы XVII века при митрополите-строителе Павле I в Тобольске были возведены первые за Уралом каменные сооружения - Кремль и Софийско-Успенский собор (1686 г.). Тогда же в Абалаке по указу царя Фёдора Алексеевича построили каменный Знаменский собор в честь чудотворной иконы Божией Матери, в тобольские церкви царями делались богатые вклады.

К началу XVIII века в России были остро поставлены вопросы христианизации северных народов и борьбы с расколом.

Во исполнение царского указа митрополитом Филофеем (Лещинским) в 1703 году при архиерейском доме была открыта первая в Сибири школа и развернута широкая миссионерская деятельность. Вскоре он по болезни оставил управление и в Тюменском Троицком монастыре принял схиму с именем Феодор. На его место назначили кроткого и нищелюбивого молитвенника Черниговского архиепископа Иоанна (Максимовича), по смерти которого в 1715 году митрополия вновь была вверена святителю Филофею (Феодору), окончательно отошедшему от дел только в 1720 году. Во все время пребывания на кафедре, а потом и на покое, он не оставлял миссионерских трудов, предпринимая поездки в самые отдаленные места своей обширной епархии. По блаженной кончине, последовавшей в 1727 году, он, согласно завещанию, был похоронен у порога Троицкого собора, дабы и по смерти не оставить подвига смирения. За свою жизнь святитель Филофей выстроил 288 церквей и крестил около 40000 человек из местных племён, объездив и исходив всю Сибирь от края и до края.

Управлявший Тобольской митрополией после святителя Филофея святитель Антоний (Стаховский) также почитался сибиряками за святость жизни. В 1741 году митрополитом Тобольским некоторое время был св.Арсений (Мациевич), непримиримый противник секуляризации, впоследствии пострадавший при Екатерине II за защиту достояния и канонов Церкви.

Следующий архипастырь, Антоний II (Нарожницкий) в 1743 году преобразовал архиерейскую школу митрополита Филофея в Духовную Семинарию, которая впоследствии стала основой для многих других сибирских учебных заведений. Непосредственно на базе Семинарии в Тобольской епархии было открыто около 200 церковных школ.

Во второй половине XVIII своей деятельностью прославились митрополит Павел II (Конюскевич) (1758-1768) и архиепископ Варлаам (Петров) (1768-1802). Митрополит Павел известен как поборник церковных канонов и покровитель миссионерства и просвещения. Вместе с Владыкой Ростовским Арсением он выступил против секуляризации 1764 года и был отстранен от кафедры, после чего Тобольская епархия перестала быть митрополией. Скончавшийся на покое в 1770 г. в Киево-Печерской лавре и почитаемый в лике святых, митрополит Павел остался в памяти сибиряков как ревностный архипастырь, строгий и взыскательный к духовенству, милосердный и сострадательный к бедным и немощным.

Архиепископ Варлаам I (Петров), воспитанник Александро-Невской Лавры, молитвенник и строгий аскет, как и его предшественники по кафедре, большое внимание уделял развитию просвещения и миссионерства. Он помогал пастве справиться с пугачёвским разорением, а затем с последствиями большого пожара, уничтожившего сибирскую столицу. Подражая Св. Иоанну, которого он особо чтил, святитель оказывал помощь всем терпящим нужду.

В XIX в. в деле просвещения и миссионерства много потрудились архиепископ Евгений (Казанцев) (1826-1831) и епископ (позже митрополит Ярославский) исповедник Агафангел (Преображенский) (1893-1897).

В числе прославившихся святостью жизни в XIX веке в Тобольске известен преподобный Мисаил Абалакский (в миру Павел Фокин) долгое время бывший священником, а потом служивший при архиерейском доме. На его могильной плите в архиерейской загородной Преображенской церкви были высечены слова: «Мир праху твоему, всегдашний подвижник благочестия и неусыпный молитвенник». В годы гонения в XX в. мощи преподобного Мисаила были уничтожены.

В середине-второй половине XVIII в. при сибирских монастырях и многих уездных духовных правлениях были открыты латинские и славяно-русские школы. Система духовного образования сыграла заметную роль и в становлении светского образования. Духовные школы, созданные как чисто сословные учебные заведения, на протяжении XVIII в. играли существенную роль в снабжении грамотными кадрами гражданских учреждений и учебных заведений. Выпускники семинарии обеспечивали состав учительских кадров большинства новых учебных заведений от Перми до Барнаула.

В XIX в. сеть учебных заведений в епархии была значительно расширена, осуществлялось издание литературы на национальных языках народов Сибири. Говоря о вкладе духовенства епархии и его роли в системе культурных преобразований в крае, следует указать имена воспитанников Тобольской Духовной семинарии, ставших широко известными далеко за пределами губернии и снискавших всеобщее признание в определенных областях науки, культуры, литературы и искусства: сибирского духовного писателя И.И.Варлакова, востоковеда, миссионера архимандрита Иакинфия (Бичурина), обер-священника армии и флота, участника Отечественной войны 1812 Г.Мансветова, церковных историков-краеведов Н.А.Абрамова и А.И.Сулоцкого, доктора медицины П.В.Путилова, художника и литератора С.М.Знаменского, выдающегося миссионера св.митрополита Макария (Невского) и др.

В XVIII в. русское духовенство развернуло в Сибири широкую миссионерскую деятельность. В ряде монастырей Сибири велась подготовка миссионеров из детей северных народностей. В XIX в. деятельность миссионеров носила более широкий и организованный характер. В XIX—начале XX в. в епархии функционировали Северная (Обдорская), Кондинская, Сургутская миссии, появился ряд миссионерских организаций, в Тобольске действовало миссионерское братство во имя Великомученика Димитрия Солунского.

В 1916 году при стечении тысяч паломников состоялись торжества обретения мощей и прославления глубоко любимого сибиряками святителя Иоанна Тобольского, память которого на протяжении двух веков свято чтилась. В числе участвовавших в празднестве архипастырей были известный миссионер св. митрополит Московский Макарий, митрополит Литовский Тихон (будущий святой патриарх Всероссийский), а также пострадавшие в годину гонений священномученник Вениамин, в ту пору епископ Гдовский, и протоиерей Иоанн Восторгов, настоятель собора Василия Блаженного на Красной площади в Москве.

Начало XX века в истории России было отмечено крупнейшими социальными потрясениями. Защищая поруганную веру и Отечество, многие воспитанники Семинарии воевали на фронтах гражданской войны. В одном из напутствий семинаристам-добровольцам, уходящим в декабре 1918 года на борьбу с красными отрядами, под сводом семинарского храма было сказано: «Вы идёте во имя прекрасного доброго. Те люди, против которых пойдёте Вы, хотят вторично распять Христа. Идите же, чтобы не дать им выполнить их пагубное, гнусное дело. Они хотят выкинуть из жизни всё то, для чего до сих пор жили люди, и наш долг не дать им успеть в этом...». Последний выпуск Семинарии состоялся весной 1919 года. Каникулы для студентов затянулись ровно на 70 лет.

В 1917-1918 гг. в Тобольске под арестом находились святые царственные страстотерпцы император Николай II с семьёй. В это же время епископом Тобольским был святитель Гермоген (Долганов), ранее претерпевший опалу за свою принципиальность и горячее отстаивание канонов Церкви и нравственных основ государственности. Бесстрашные обличения и выступления Святителя против безбожной власти и особенно его активная деятельность по сплочению вокруг Церкви всех здоровых сил общества в противовес властям, ведшим бессовестную игру на трудностях времени, вызывали нескрываемую ненависть врагов Отечества и Христа. 16(29) июня 1918 г.епископ Гермоген был зверски замучен и утоплен большевиками. В сопровождении крестного хода и при огромном стечении народа мощи священномученника были перенесены в Тобольск и погребены на месте прежнего упокоения св. Иоанна Тобольского в Софийском соборе. Его мощи были торжественно обретены 3 сентября 2005 года.

При советской власти сибирский край стал местом заключения и массовых ссылок миллионов людей, среди которых воссиял сонм нам известных и ведомых одному Господу новомученников и исповедников Российских. Одно время в Тобольске отбывал ссылку духовник Марфо-Мариинской обители протоиерей. Митрофан Серебрянский, в двадцатые годы здесь под арестом держали местоблюстителя Патриаршего престола священномученника митрополита Петра, вполедствии скончавшегося на крайнем Севере.

Когда в начале тридцатых было истреблено почти всё духовенство, власти принялись за мирян. Одним из первых мучеников стал Федор Иванов. Он был арестован и расстрелян в 1937 году без суда и следствия. Известны факты помощи святого мученика обращающимся к нему с просьбой о предстательстве пред Господом.

В 1920-е годы почти все храмы и практически все монастыри были закрыты и осквернены, сама древняя Тобольская епархия упразднена. Лишь в конце Великой Отечественной войны в городах юга области открылось несколько храмов, а территория бывшей Тобольской епархии была включена в состав образованной тогда Омско-Тюменской епархии. До конца 1980-х годов в огромной по своей площади Тюменской области функционировало только 8 церквей.

В 1989 г. Церкви был возвращен разрушенный и лишившийся своих святынь Абалакский Знаменский монастырь.